เซลล์ภูมิคุ้มกันที่ไหลเวียนออกจากสมองและไปยังอวัยวะอื่น ๆ เอชไอวีย้ายจากสมองผ่านเส้นทางนี้แม้ว่าไวรัสจะถูกยับยั้งด้วยการรักษาด้วยยาต้านไวรัสร่วมกันซึ่งเป็นการรักษามาตรฐานสำหรับเอชไอวี บทบาทที่สำคัญของสมองในฐานะที่เป็นแหล่งกักเก็บเชื้อเอชไอวีที่สามารถติดเชื้ออวัยวะส่วนต่อท้ายด้วยไวรัสได้ การค้นพบชี้ให้เห็นว่าเพื่อกำจัดเชื้อเอชไอวีออกจากร่างกาย

กลยุทธ์การรักษาจะต้องตอบสนองต่อบทบาทของระบบประสาทส่วนกลางเอชไอวีโจมตีระบบภูมิคุ้มกันโดยการติดเชื้อ ซึ่งเป็นเม็ดเลือดขาวชนิดหนึ่งที่มีความสำคัญต่อการต่อสู้กับการติดเชื้อ หากไม่ได้รับการรักษา HIV สามารถทำลายเซลล์ลดความสามารถของร่างกายในการเพิ่มการตอบสนองทางภูมิคุ้มกัน ในที่สุดก็เกิดโรคเอดส์รถเข็นซึ่งยับยั้งการติดเชื้อเอชไอวีได้อย่างมีประสิทธิภาพได้ช่วยคนจำนวนมากที่ติดเชื้อเอชไอวีให้มีอายุยืนยาวขึ้นและมีสุขภาพที่ดีขึ้น แต่การศึกษาบางอย่างแสดงให้เห็นว่าผู้ป่วยจำนวนมากที่ได้รับยาต้านไวรัสยังแสดงอาการของความผิดปกติของระบบประสาทที่เกี่ยวข้องกับเอชไอวีเช่นความคิดและปัญหาความจำ นักวิจัยรู้ว่าเอชไอวีเข้าสู่สมองภายในแปดวันของการติดเชื้อ แต่ไม่ค่อยมีใครรู้ว่าเซลล์สมองที่ติดเชื้อเอชไอวีสามารถปล่อยไวรัสที่สามารถอพยพจากสมองกลับสู่ร่างกายเพื่อติดเชื้อเนื้อเยื่ออื่น ๆ ได้หรือไม่